Исчезновение Юки Нагато

В параллельной, но знакомой вселенной, застенчивая любительница книг и игр Юки Нагато возглавляет литературный клуб Северной школы. Ее друзья — чрезмерно осторожная Рёко Асакура и совершенно обычный Киён — единственные участники клуба. Юки ценит спокойствие, которое она разделяет с ними, особенно в компании Киёна, на которого у нее тайная влюбленность. В клуб часто заглядывают Цуруя и Микуру Асахина, две подруги с противоположными характерами.

Однажды холодным декабрьским днем, возвращаясь домой, Юки встречает девушку, которая заставляет ее нарисовать странные символы на земле, утверждая, что пытается поймать Санту. Девушка представляется как Харухи Судзумия, эксцентричная ученица престижной академии Коёэн, ищущая инопланетян, путешественников во времени и людей с эсперскими способностями. Внезапно появившись в комнате клуба вместе со своим другом Ицуки Коидзуми, Харухи объявляет себя и его официальными членами литературного клуба, а сама занимает пост исполнительного президента. Спокойные дни клуба остаются в прошлом, и Юки с друзьями оказываются втянутыми в серию приключений под руководством Харухи, каждое из которых сближает Юки и Киёна как никогда раньше.