Персона 3: Падение

С приближением конца осени Чидори Ёсино из группировки Стрега похищает Дзюмпэя Иори. В это же время Макото Юуки и Специализированный Внеклассовый Исполнительный Отряд (SEES) уничтожают Аркану Повешенного. Вскоре в класс 2-F старшей школы Геккоукан переводится загадочный плейбой Рёдзи Мотидзуки.

После того как SEES, казалось бы, достигли своей цели, они надеются, что больше не придется сражаться и терять близких. Однако Тартар и Темный Час продолжают существовать, несмотря на уничтожение двенадцатой Тени. В отчаянии от своей кажущейся неудачи, члены SEES сталкиваются с личными проблемами и пытаются понять, ради чего они сражаются. Пока Макото и Дзюмпэй продолжают свое путешествие самопознания, раскрываются личность Рёдзи и причина ненависти Эгис к нему.